Leo 你好，
1- les deux 了ne sont pas incompatibles, on peut par exemple dire : 我汉语学了两年了。"J'apprends le chinois depuis 2 ans." On insiste à la fois sur l'aspect accompli et sur le fait que l'action continue dans le présent (changement de situation du 了 final : avant ça ne faisait pas deux ans, maintenant c'est le cas).
2- On peut très bien séparer les verbes objet, ce qui est obligatoire ici, car 次 se comporte comme un "classificateur verbal" qui se place après le verbe. Par exemple avec un autre verbe objet "avoir cours" 上课 : 我今天上了汉语课。 ou 我这个星期上三次中文课。etc.
3- En effet, il arrive qu'il y ait ambigüité et prise seule à l'oral, il n'est pas possible de distinguer la question de la phrase affirmative pour cette phrase (sauf avec une intonation exclamative pour la phrase affirmative peut-être). Mais comme dans le test, cette question est suivie d'une réponse (已经下过两次了，这是第三次了。 ), il n'y a pas de confusion possible.
祝好,
天翔
160 mots